一、HBV基因型(A～F)多引物对PCR分型法的初步建立（论文文献综述）
张立辰[1]（2018）在《新型HRM技术在遗传病和药物基因组检测中的应用》文中提出背景:高分辨熔解曲线分析（HRM）技术是一种由熔解曲线技术为基础发展起来的核酸分析技术。由于该技术是一种操作简单、快速且成本低的核酸分析方法,HRM技术从其诞生伊始就受到了广泛的关注,基于HRM的新型检测方法也不断出现。Williams-Beuren综合征（WBS）是一种严重且较为常见的多系统缺陷综合征,7号染色体长臂7q11.23区域的杂合缺失被认为是该病的病因,相同区域的拷贝数重复也会造成多系统的发育异常。氯吡格雷是一种急性冠脉综合征和经皮冠状动脉介入术后常用药物,CYP2C19*2、CYP2C19*3、CYP2C19*17、PON1 Q192R以及ABCB1 C3435T的基因多态性会导致患者出现氯吡格雷低应答现象。喹硫平与阿立哌唑是两种常用的第二代精神药物,其药效和副作用分别受到CYP1A2*1F、CYP3A5*3和CYP3A4*1G、ANKK1 Taq1A的影响。目的:利用dNTP限制性PCR和HRM技术联用,建立一种用于检测7q11.23区域微缺失/微重复的方法;利用5’GC碱基修饰的引物和多重HRM技术,建立一种用于检测氯吡格雷精准用药相关的5个SNP位点的方法;利用多色探针HRM技术,建立一种用于检测喹硫平、阿立哌唑代谢相关的4个SNP位点的方法。结果:1)本研究建立了一种基于HRM技术的7q11.23区域微缺失/微重复的检测方法,并利用该方法检测了3例7q11.23区域微重复综合征患者标本、15例WBS患者标本以及18例健康人标本,检测结果与Affymetrix Cytoscan HD芯片法比对,灵敏度和特异性都为100%。2)本研究建立了一种基于多重HRM技术的氯吡格雷精准用药相关的5个SNP位点的检测方法,本方法可以在两个反应体系内对5个SNP位点进行基因分型。利用该检测方法对912例服用氯吡格雷的患者标本进行检测,并使用Sanger测序法进行比对,灵敏度和特异性分别为100%和99.3%。3)本研究建立了一种基于多色探针HRM的喹硫平、阿立哌唑代谢相关的4个SNP位点的检测方法,本方法可以在一个反应体系内对4个SNP位点进行基因分型。利用该检测方法对240例健康人标本进行检测,并使用Sanger测序法进行比对,灵敏度和特异性均为100%。结论:本研究建立的三种基于HRM的检测方法都具有快速、准确、低成本、操作简便的特点,具有很好的应用价值。
刘轲[2]（2018）在《基于DNA纳米技术与原子力显微镜高分辨成像的精准基因检测研究与应用》文中进行了进一步梳理DNA纳米技术是纳米科学领域的一门新兴学科,它是利用DNA依据碱基互补配对原则通过自组装行为构建成为各种维度的空间结构,具有长远的开发应用价值。DNA纳米技术的发展史可追溯到上世纪80年代中期由美国科学家N.C.Seeman开创的交叉结结构,至今已足足历经35年的飞速发展,它涵盖了DNA拼块自组装、DNA折纸术以及DNA纳米器件应用等多个方向的研究。DNA纳米材料由于具有其他传统纳米材料无法比拟的优越性,而迅速成为数学、物理、化学、计算机以及生物医学等多个学科领域的宠儿。本文通过回顾DNA纳米技术的发展史,综述性地探讨了目前DNA纳米技术在各个学科领域的前沿进展,并重点关注DNA纳米技术在生物医学尤其是遗传学领域的应用。本论文的研究主要是对当前现有DNA自组装技术进一步的理解和发展,并致力于遗传学和精准医学检测领域一些目前亟待解决的关键问题。所开展的研究工作主要包括以下几个方面:第一部分——基于DNA折纸标记的单分子单倍体分型技术。随着国际人类基因组计划的完成以及当前高通量测序技术的飞速发展,转化医学以及精准医疗等领域对遗传检测分析方法的需求也越来越高。然而目前的测序技术仍然面临着巨大的挑战,由于仪器读长的限制使得无法获取完整的DNA长片段信息。传统的单倍型检测分析方法或因为模拟计算的不精确性,或因为实验技术的复杂性而导致信息获取较为困难。在本文的研究中,我们以DNA折纸结构作为可视化探针对目标基因多态性位点进行特异性标记,通过原子力显微镜扫描得到的折纸探针图形信号直接转化为长片段目标基因的单倍型信息,并初步实现了对单分子DNA高分辨率的单倍体分型检测。这一研究不仅弥补了当前测序以及实验室基因型检测技术难以解决的问题,而且发展了一种基于DNA纳米技术与原子力显微镜相结合的新颖遗传信息检测分析方法,未来有希望应用于更广泛的基因组学分析研究,也为DNA自组装技术在生物医学领域的应用提供新的思路。第二部分——基于DNA折纸标记的乙肝病毒基因型单分子检测。在前一章完成了基于DNA折纸标记识别长片段目标基因单倍型的前期工作基础上,我们进一步深入探讨DNA纳米技术应用于精准医学检测领域的方向。如何精确诊断、预测疾病的发生发展以及提高病人的生存率,是当今生物医学研究面临的重大挑战。提高检测方法的特异性和灵敏度是解决这一难题的途径之一。传统常见的基因检测方法（如PCR、RT-PCR或测序）都是通过扩增基因组模板分子放大叠加信号来识别基因型信息。这种方式只能反映出基因组的总体遗传信息,但对于少量的罕见变异却常常被放大叠加信号所掩盖而忽略。只有实现单个分子水平上的检测才能真正做到精准的遗传信息识别。病毒基因型的精准检测对于诊断、治疗病毒感染型疾病非常关键。当前传统的检测方法大多依赖于病毒标志物的浓度水平,经常会由于患者处于病毒感染的“窗口期”而出现错检漏检的可能性,从而耽误疾病治疗的黄金时期。因此在这项研究中我们以乙型肝炎病毒（HBV）为例,通过建立一套针对不同基因型HBV的DNA折纸靶向识别探针,借助原子力显微镜（AFM）的高分辨率成像直接读取病毒DNA的遗传变异信息,从而准确判定乙肝病毒的基因型。在后续的实证研究中,我们以11例临床血液样本中提取的HBV DNA分子为研究对象,通过原子力显微成像进行单盲检测,分型结果与一代测序分析结果保持高度一致,由此验证了该检测方法高度的特异性。此外,灵敏度也是考察检测方法是否高效的金标准之一。经过多次反复测试和稳定性评估,最终发现该方法的最低检测限可达10 pM,其灵敏度要优于目前大多数现有的检测方法。研究结果表明,这种基于DNA纳米技术与原子力高分辨显微成像相结合的乙肝病毒基因型分析方法的是稳定可靠的,在未来将有望成为实验室或临床鉴定HBV基因型的一种有力手段。在论文的最后部分,对DNA纳米技术未来的发展进行一些前瞻性的展望,并介绍几个未来在多学科领域可能应用的畅想。也由此可以预见,即使DNA纳米技术目前的研究进展还无法与传统纳米材料相提并论,但是DNA纳米材料在越来越多跨学科交叉研究项目中的应用已经成为一种趋势。DNA纳米技术这门冉冉升起的新兴学科将拥有广阔的应用前景和研究价值,必将在未来各个科学领域大展宏图。
王连栓,孙玉杰,张海林[3]（2013）在《PCR及其衍生技术在乙肝病毒基因型检测中的应用进展》文中认为乙型肝炎病毒（HBV）是肝脏疾病的重要致病因子,是严重危害人类健康的病毒之一。目前,全世界HBV携带者约有3.8亿,而我国约有1.5亿人。HBV感染后临床表现呈多样性,可表现为无症状携带者、急性肝炎、重症肝炎或慢性肝炎,其中部分慢性肝炎可演变为肝硬化或肝癌。每年死于乙型肝炎相关性肝病约为50万人。根据HBV全基因序列异质性大
张秀瑜[4]（2011）在《荧光定量PCR分型法检测乙肝病毒B、C基因型的方法学评价及应用研究》文中研究说明目的:对本实验室建立的荧光定量分型PCR法的反应条件和反应体系进行优化,并对其进行方法学评价,检验初步临床应用效果,明确重庆地区HBV基因型分布情况。方法:从退火温度、探针引物浓度比方面对荧光定量分型PCR反应进行优化,建立荧光定量PCR的标准曲线,并对该方法的灵敏度、特异性、重复性指标进行初步评价。通过将荧光定量分型PCR法与直接测序法和多重PCR分型法比较,并用TA克隆测序法对检测结果不一致的样本进行验证,对荧光定量分型PCR法进行进一步评价。最后将荧光定量分型PCR法用于检测207份重庆地区HBV感染者的基因型,观察其临床初步应用效果。结果:经过优化后将荧光定量分型PCR法的退火温度定为62°C,探针浓度定为0.3μM,引物浓度定为0.5μM。该分型法的线性范围为102-109copies/ml,灵敏度高,特异性强,重复性好,具有操作简便、检出快速的优点。在对113份样本进行分型检测中,荧光定量分型PCR和直接测序法检出率100%,多重PCR法检出率94.69%,6份样本未能分型。荧光定量分型PCR和多重PCR的Kappa系数0.915,荧光定量分型PCR和直接测序法的Kappa系数0.742,一致性均较好。对B、C基因型混合感染样本,荧光定量分型PCR法检出28例（24.78%）,多重PCR法检出19例（16.81%）,直接测序法检出13例（16.81%）。荧光定量分型对基因型混合感染样本的检测灵敏度明显高于直接测序和多重PCR分型法。在对重庆地区HBV基因型分布特征的调查研究中发现,B型127例（61.35%）,C型29例（14.01%）,BC混合型48例（23.19%）,B型为主要基因型, B/C混合型感染率高。C基因型的病毒载量高于B型及BC混合型（P < 0.05）,B基因型与BC混合型的病毒载量无统计学差异（P > 0.05）。结论:本实验室建立的荧光定量分型PCR法是一种可靠、高效、快速、简便的HBV基因分型法,尤其对混合基因型感染的检测灵敏度高。此分型方法针对我国主要分布的B、C基因型对HBV进行分型检测,不仅适用于初步的临床快速检测,也适用于在我国开展的大规模流行病学调查,为揭示基因型与临床表现、抗病毒疗效等的相关性提供方法学支持。重庆地区,以B型为主要基因型,B/C基因型混合感染高于以往研究结果。
程邦宁[5]（2009）在《乙型肝炎病毒（HBV）前S1抗原与其DNA相关性研究及基因型分析》文中认为第一部分乙型肝炎病毒（HBV）前S1抗原与其DNA相关性研究目的研究乙型肝炎病毒（HBV）前S1抗原（PreS1）与HBV-DNA的相关性及其临床应用价值。方法通过对132例乙型肝炎患者进行HBV血清标志物、HBV-DNA和PreS1抗原检测分析。结果PreS1抗原在HBeAg阳性组中检出率高于HBeAg阴性组（P<0.01）;HBV-DNA阳性组中PreS1抗原阳性率为92.45%,显着高于HBV-DNA阴性组（17.72%）。e抗原阳性、HBV-DNA阳性模式的PreS1阳性率为乙型肝炎所有血清标志模式中最高（90.63%）。结论HBV- PreS1与具有病毒复制活动性意义的指标（HBeAg和HBV-DNA）有良好的相关性,HBV- PreS1的检测结果可以较好地反映HBV的复制情况。第二部分合肥地区部分乙型肝炎病毒基因型分析目的调查合肥部分地区乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）基因型分布情况。方法选择53例经荧光定量PCR法测定HBV-DNA含量> 103 cop ies/ml的感染者血清,采用聚合酶链反应（PCR）检测HBV基因型。结果53例患者中B型27例（50.9% ） , C型24例（45.3% ） ,BC混合型2例（3.8% ）。C型HBV-DNA水平和HBeAg阳性率分别为（7.38±0.74） log值和79.17% ,明显高于B型的（5.48±1.63） log值和23.10% （ P < 0.05） ; C型ALT、TBIL的水平均高于B型（ P < 0.05）。结论合肥部分地区乙肝病毒基因型以B、C型为主,B型占优势, C型次之。C型病情重于B型。
王金章,张拥军,沈晓娜[6]（2009）在《乙型肝炎病毒基因型研究现状》文中研究说明乙型肝炎病毒（HBV）是嗜肝的DNA病毒,可引起不同程度的肝脏疾病。本文就1988年Okamoto等首次发现HBV存在基因组的差异以来HBV基因型研究现状作一综述。着重对现有的HBV基因分型方法、基因型别与地理分布、与基因突变、致病性及抗病毒治疗的关系进行介绍,并对未来HBV基因型研究目前存在的不足与发展进行讨论与展望。
周丽鸿[7]（2009）在《安徽省皖江部分地区自然人群乙型肝炎流行现况》文中指出目的了解现阶段安徽省皖江地区自然人群乙型肝炎流行水平与流行强度及乙肝疫苗的接种情况;描述乙肝病毒（HBV）感染状况及HBV基因型的分布状况;探讨HBV感染主要血清标志物与基因型的关系。为了解安徽省乙肝流行规律提供基础,为乙肝防治工作提供依据。方法（1）以安徽省巢湖市、池州市为研究现场。自行设计调查问卷,采用分层整群抽样方法对2个城市小区、7个农村行政村的自然人群开展以家庭为单位的问卷调查。问卷内容包括:一般人口学资料,乙肝相关知识,医源性接触史,免疫史及生活接触史。（2）问卷调查完成后,每名调查对象抽取3ml肘静脉血,共采集血标本2282份。对所收集的血标本用ELISA方法检测HBV感染标志,即乙肝五项HBsAg、HBsAb、HBeAg、HBeAb及HBcAb;对224份表面抗原（HBsAg）阳性的血清用浓缩液裂解法提取HBV DNA;用型特异性引物巢式PCR法检测HBV DNA A-F基因型。结果（1）在2282例血清标本中,乙肝五项HBsAg、HBsAb、HBeAg、HBeAb及HBcAb流行率分别为9.8%、43.5%、1.0%、7.8%、10.3%;HBV总感染率（HBV流行率）为40.6%（926/2282）;标化HBsAg流行率为9.3%,标化HBV流行率为35.4%。HBsAg流行率男性高于女性（χ2= 3.992,P<0.05）,HBsAg流行率城乡差异不显着（χ2=0.027,P>0.05）。乙肝疫苗接种率为24.7%（539/2282）,10岁以下年龄组疫苗接种率最高为97.4%（76/78）,学生疫苗接种率较高为78.2%（355/454）,农村人群疫苗接种率（19.1%）低于城市人群（37.6%）（χ2=84.682,P<0.01）。接种乙肝疫苗后HBsAg及HBV流行率均显着降低（P<0.01）。（2）在224份HBsAg阳性的血标本中,共呈现5种模式:①HBsAg、HBeAg、HBcAb（1、3、5项）均阳性者18例（8.0%）,②HBsAg、HBeAb、HBcAb（1、4、5项）阳性者160例（71.4%）,③HBsAg、HBcAb（1、5项）阳性者36例（16.1%）,④HBsAg、HBeAg（1、4项）阳性者4例（1.8%）,⑤仅HBsAg阳性者6例（2.7%）。HBV基因型检出率分别为B型54.9%、C型32.6%、BC混合型7.1%,另外有12例未分出型别（5.4%）。HBeAg阳性标本基因型检出率为100%;各基因型在HBeAg阳性组与阴性组中分布有差异（χ2=8.323,P=0.04）,C型在HBeAg阳性者中检出率（59.1%）高于HBeAg阴性者（29.7%）,HBeAg阴性者B型检出率（56.9 %）高于HBeAg阳性者（36.4%）。结论（1）安徽省皖江地区HBeAg流行率为9.8%,标化流行率为9.3%,为全国乙肝高流行区;乙肝疫苗接种率为24.7%,标化率为35.7%,农村乙肝疫苗接种率偏低。乙肝疫苗的接种能有效提高抗-HBs阳性率,减少HBV感染机会。（2）皖江地区自然人群HBV基因型以B型、C型为主,B型为优势基因型;HBV基因型与血清感染标志物有一定关系;型特异性多引物对巢式PCR方法适宜大样本的基因型检测。
周丽鸿,李筱青,宣柳,蔡标,叶冬青,黄芬[8]（2008）在《皖江地区自然人群HBV M及HBV基因型的检测分析》文中进行了进一步梳理目的了解皖江地区自然人群乙型肝炎病毒（HBV）感染及其基因型分布状况,探讨安徽省乙肝流行规律,为乙肝的治疗及预防控制提供理论依据。方法采用分层整群抽样方法对皖江地区自然人群进行问卷调查并采集血标本,用ELISA方法检测乙肝病毒感染标志,对表面抗原阳性的血清用型特异性引物巢式PCR法进行HBVDNAA-F基因型检测及分析。结果在2282例血清标本中,乙肝五项HBsAg、HBsAb、HBeAg、HBeAb及HBcAb流行率分别为:9.8%、43.5%、1.0%、7.8%、10.3%。224份HBsAg阳性的血标本中HBV基因型检出率分别为:B型54.9%、C型32.6%、BC混合型7.1%,另外有12例未分出型别（5.4%）。HBsAg流行率男性高于女性（χ2=3.992,P<0.05）;224份HBsAg阳性标本共呈现5种模式:①HBsAg、HBeAg、HBcAb阳性;②HBsAg、HBeAb、HBcAb阳性;③HBsAg、HBcAb阳性;④HBsAg、HBeAg阳性;⑤仅HBsAg阳性;HBeAg阳性标本基因型检出率为100%,C型在HBeAg阳性者中检出率（59.1%）高于HBeAg阴性者（29.7%）,但HBeAg阴性者B型检出率（56.9%）高于HBeAg阳性者（36.4%）。结论皖江地区乙型肝炎的流行水平与2002年全国流调结果基本一致;HBV基因型以B,C型为主,优势基因型为B型;HBV基因型与血清标志物有关系;此外,多引物对巢式PCR法适用于大样本筛检及临床流行病学应用。
庞保军,司磊[9]（2007）在《乙型肝炎病毒基因型分型方法的研究进展》文中提出
罗凯[10]（2007）在《改良HBV型特异性引物PCR基因分型方法的建立与应用》文中研究说明我国是乙型肝炎病毒（HBV）感染高发区,乙型病毒性肝炎严重威胁人类的生命健康。依据HBV全基因组序列同源性≥92%或S基因序列同源性≥96%将HBV分为了A-H 8种基因型。HBV的基因型是由长期病毒突变和宿主的筛选累积形成的结果。目前的研究显示,不同基因型HBV在流行病学特征、病毒变异、疾病表现和治疗应答等方面均存在着差异, HBV的基因分型研究对进一步明确乙型肝炎发病机理、提高检测效率、寻找治疗对策和实现流行病学控制具有重要意义。现有的HBV基因分型检测方法主要有测序分型法、型特异性引物PCR基因分型法、PCR-RFLP分型法和单克隆抗体ELISA分型法等。其中,型特异性引物PCR基因分型法是一种简单、快速、经济的分型方法,具有良好的应用价值。型特异性碱基是该分型方法特异性的保证,由于HBV及其基因型的流行具有显着的地域差异性,不同地域HBV基因组上型特异性碱基的分布情况以及不同地域相同基因型HBV的相同型特异性碱基位点的特异度也可能存在差异,因此,直接将国外现有的型特异性引物PCR基因分型法在国内应用缺乏科学依据,评估型特异性引物的设计合理性以及所建立分型体系的地域适用性显得相当重要。但目前尚缺乏系统、有效的型特异性引物设计标准与评估体系,所以改良现有型特异性引物设计标准以及评估体系,明确分型系统的适用地域,建立一套灵敏、准确、快速、经济、国内适用的改良HBV型特异性引物PCR基因分型体系对于国内HBV基因型的相关研究具有重要意义。目的:本研究旨在改进现有型特异性引物PCR基因分型法的引物设计标准与方法评估体系,明确方法的适用地域,建立一种灵敏、准确、快速、经济、国内适用的改良HBV型特异性引物PCR基因分型法。方法:1、改良HBV B、C基因型型特异性引物PCR分型法的建立:自GeneBank数据库中收集已明确基因型的HBV全基因组标准序列,设立型特异性碱基相关的定义与判断标准,利用DNAman软件对标准序列进行比对,得到各型HBV S基因上的所有型特异性碱基,寻找型特异性碱基聚集区,在聚集区上设计型特异性引物,利用标准B、C基因型HBV血清作为阳性模板初步建立B、C基因型HBV型特异性引物PCR基因分型法。开展方法学评价实验,包括PCR反应条件优化、灵敏度实验、重复性实验和特异性实验。利用22例临床样品,将该法与HBV基因分型“金标准”方法测序分型法进行方法比对,同时利用血清样品测序结果对本法进行方法学设计评估。2、两套HBV型特异性引物分型体系的比较:依据参考文献提供的型特异性分型引物建立经典型特异性引物PCR基因分型法（以下简称“经典法”）。利用22例临床样品,将经典法与改良型特异性引物PCR基因分型法（以下简称“改良法”）进行方法学设计和性能的比对。3、改良HBV型特异性引物PCR基因分型法的初步应用:利用改良型特异性引物PCR基因分型法对187例广东省内HBV DNA阳性的慢性乙型肝炎病人血清进行分型检测。结果:1、利用B基因型HBV S基因上的型特异性碱基（nt321 A, nt324 T,nt330 G）和C基因型HBV S基因上的型特异性碱基（nt293 A, nt294 C, nt300 C）成功建立了改良HBV B、C基因型特异性引物PCR分型法。检测比对血清盘,改良法与测序分型法的检测符合率为100%。国内B基因型HBV S基因上型特异性碱基的分布情况和碱基特异性指标与由收集的标准序列分析得到的B基因型特异性碱基分布情况和碱基特异性指标存在显着性差异（P≤0.05）,而C基因型无显着性差异（P≥0.05）。2、检测比对血清盘,改良法与对照法的结果符合率为86%。3、收集自广东省的187份慢性乙型肝炎病人血清中,改良法成功分型185例、2例扩增未检出。185例已分型样品中B型107例（57.2%）、C型70例（37.4%）、BC混合型8例（4.3%）。结论:本研究成功建立了一种改良HBV型特异性引物PCR基因分型方法,其具有灵敏、准确、快速、经济、国内适用等特点。本改良方法并被初步应用于广东省内HBV基因型流行情况的调查。
二、HBV基因型(A～F)多引物对PCR分型法的初步建立（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、HBV基因型(A～F)多引物对PCR分型法的初步建立（论文提纲范文）
（1）新型HRM技术在遗传病和药物基因组检测中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 分子诊断常用技术 |
| 1.1.1 染色体核型分析技术 |
| 1.1.2 荧光原位杂交技术(FISH) |
| 1.1.3 基因芯片技术 |
| 1.1.4 测序技术 |
| 1.1.5 多重连接探针扩增(MLPA)技术 |
| 1.1.6 基于PCR的分子诊断技术 |
| 1.2 HRM技术简介 |
| 1.2.1 HRM技术的原理 |
| 1.2.2 饱和荧光染料 |
| 1.2.3 HRM分析仪器 |
| 1.2.4 HRM检测的数据分析 |
| 1.3 HRM在医学领域的应用 |
| 1.3.1 HRM在SNP分型中的应用 |
| 1.3.2 HRM在序列匹配中的应用 |
| 1.3.3 HRM在突变扫描中的应用 |
| 1.3.4 HRM在甲基化检测中的应用 |
| 1.3.5 HRM在微生物检测中的应用 |
| 1.3.6 HRM在CNV检测中的应用 |
| 1.3.7 HRM技术在串联重复序列分析中的应用 |
| 1.4 HRM技术的分类 |
| 1.4.1 短扩增子HRM技术 |
| 1.4.2 多重HRM技术 |
| 1.4.3 非标记探针和回弹探针HRM技术 |
| 1.4.4 多色荧光探针HRM技术 |
| 1.5 本论文研究目的、研究内容及创新性 |
| 1.5.1 本论文研究目的 |
| 1.5.2 研究内容 |
| 1.5.3 创新性 |
| 第二章 基于HRM技术的7q11.23微缺失/微重复分析方法的建立 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 目标基因的选择、引物设计与熔解曲线模拟 |
| 2.2.1 实验部分 |
| 2.2.2 结果 |
| 2.3 引物特异性的验证 |
| 2.3.1 实验部分 |
| 2.3.2 结果 |
| 2.4 dNTP浓度的优化 |
| 2.4.1 实验部分 |
| 2.4.2 结果 |
| 2.5 dNTP浓度的确定 |
| 2.5.1 实验部分 |
| 2.5.2 结果 |
| 2.6 临床标本检测 |
| 2.6.1 实验部分 |
| 2.6.2 结果 |
| 2.7 基因芯片实验验证HRM检测结果 |
| 2.7.1 实验部分 |
| 2.7.2 结果 |
| 2.8 HRM检测方法的重复性验证 |
| 2.8.1 实验部分 |
| 2.8.2 结果 |
| 2.9 标本添加量对HRM检测的影响 |
| 2.9.1 实验部分 |
| 2.9.2 结果 |
| 2.10 讨论 |
| 2.11 本章小结 |
| 第三章 基于多重HRM的氯吡格雷耐药基因SNP位点检测方法的建立 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 目标SNP位点的引物设计与HRM曲线模拟 |
| 3.2.1 实验部分 |
| 3.2.2 结果 |
| 3.3 引物特异性的验证 |
| 3.3.1 实验部分 |
| 3.3.2 结果 |
| 3.4 针对氯吡格雷耐药基因的单重HRM检测方法的建立 |
| 3.4.1 实验部分 |
| 3.4.2 结果 |
| 3.5 单重HRM检测方法的临床标本检测 |
| 3.5.1 实验部分 |
| 3.5.2 结果 |
| 3.6 单重HRM临床标本检测结果的Sanger测序验证 |
| 3.6.1 实验部分 |
| 3.6.2 结果 |
| 3.7 多重HRM检测方法的建立 |
| 3.7.1 实验部分 |
| 3.7.2 结果 |
| 3.8 多重HRM实验结果的Sanger测序验证 |
| 3.8.1 实验部分 |
| 3.8.2 结果 |
| 3.9 多重HRM检测方法的重复性验证 |
| 3.9.1 实验部分 |
| 3.9.2 结果 |
| 3.10 标本添加量对多重HRM检测结果的影响 |
| 3.10.1 实验部分 |
| 3.10.2 结果 |
| 3.11 讨论 |
| 3.12 本章小结 |
| 第四章 基于多色探针HRM技术的喹硫平和阿立哌唑药物代谢基因位点检测方法的建立 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 目标SNP位点的引物及分子信标设计与分子信标二级结构模拟 |
| 4.2.1 实验部分 |
| 4.2.2 结果 |
| 4.3 引物特异性的验证 |
| 4.3.1 实验部分 |
| 4.3.2 结果 |
| 4.4 单色探针HRM方法的建立 |
| 4.4.1 实验部分 |
| 4.4.2 结果 |
| 4.5 多色探针HRM方法的建立 |
| 4.5.1 实验部分 |
| 4.5.2 结果 |
| 4.6 多色探针HRM的临床标本检测 |
| 4.6.1 实验部分 |
| 4.6.2 结果 |
| 4.7 多色探针HRM实验结果的Sanger测序验证 |
| 4.7.1 实验部分 |
| 4.7.2 结果 |
| 4.8 多色探针HRM检测方法的重复性验证 |
| 4.8.1 实验部分 |
| 4.8.2 结果 |
| 4.9 标本添加量对多色探针HRM检测的影响 |
| 4.9.1 实验部分 |
| 4.9.2 结果 |
| 4.10 讨论 |
| 4.11 本章小结 |
| 第五章 全文总结 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 前景展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间已发表或在投稿的论文 |
| 攻读博士学位期间申请的发明专利 |
（2）基于DNA纳米技术与原子力显微镜高分辨成像的精准基因检测研究与应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 文中常用缩写中英文对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 DNA纳米技术的发展过程 |
| 1.1.1 DNA拼块(Tile)自组装 |
| 1.1.2 DNA折纸术(origami)的诞生 |
| 1.2 DNA纳米技术在各个领域的应用 |
| 1.2.1 DNA-纳米粒子组合排布 |
| 1.2.2 可计算的DNA纳米技术——DNA分子逻辑门电路与分子计算机 |
| 1.2.3 DNA折纸基因芯片与遗传检测 |
| 1.2.4 DNA纳米孔通道与单分子检测 |
| 1.2.5 DNA自组装纳米材料应用于细胞载药 |
| 1.3 本章小结 |
| 1.4 本文的提出与研究内容 |
| 第二章 基于DNA折纸标记的单分子单倍型分型研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.1.1 单核苷酸多态性与单倍型 |
| 2.1.2 纳米技术应用于单倍型分型的研究进展与现状 |
| 2.1.3 基于DNA折纸探针标记的单分子单倍型分型技术的研究思路 |
| 2.2 实验材料与实验方法 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 实验方法 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 预实验阶段:基于PhiX174 噬菌体DNA构建标记模型 |
| 2.3.2 三嵌段介导探针的设计以及纳米金辅助特异性延伸 |
| 2.3.3 多形态DNA折纸标记的设计与实验优化 |
| 2.3.4 可视化模拟单倍体分型:PhiX174 DNA的多位点高分辨率精准标记 |
| 2.3.5 单倍体精准分型:多位点折纸标记在人类基因组样品中的实际应用 |
| 2.4 本章小结与展望 |
| 第三章 基于DNA折纸标记的乙肝病毒基因型单分子检测 |
| 3.1 引言 |
| 3.1.1 传统的HBV检测方法 |
| 3.1.2 HBV的基因组与基因型分类 |
| 3.1.3 常用的HBV核酸检测与分析方法 |
| 3.1.4 基于DNA折纸标记的HBV基因型单分子检测方法的提出与研究策略 |
| 3.2 实验材料与实验方法 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 实验方法 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 引物设计和HBV目标模板ssDNA生成 |
| 3.3.2 三嵌段介导探针的设计和延伸 |
| 3.3.3 DNA折纸标签探针的制作 |
| 3.3.4 可视化HBV基因分型:DNA折纸标签的标记测试 |
| 3.3.5 临床样本诊断:HBV基因分型的特异性和灵敏度 |
| 3.4 本章的小结与展望 |
| 第四章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录:合成DNA折纸的短链序列 |
| 致谢 |
| 攻读博士期间已发表或录用的论文 |
（3）PCR及其衍生技术在乙肝病毒基因型检测中的应用进展（论文提纲范文）
| 1 实时荧光定量PCR (FQ-PCR) |
| 2 巢式PCR |
| 3 限制性片段长度多态性聚合酶链反应 (PCR-RFLP) |
| 4 PCR-反向点杂交 (PCR-RDB) |
| 5 PCR微板核酸杂交-酶联免疫吸附试验 (ELISA) |
| 6 其他相关PCR技术 |
| 7 结语与展望 |
（4）荧光定量PCR分型法检测乙肝病毒B、C基因型的方法学评价及应用研究（论文提纲范文）
| 英汉缩略语名词对照 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 荧光定量分型PCR 法优化及评价 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二部分 荧光定量分型PCR 法和多重PCR、测序分型法的方法学比较 |
| 1 材料和方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第三部分 荧光定量分型PCR 研究重庆地区HBV 基因型分布特征 |
| 1 材料和方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 文献综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间撰写和发表论文及参加会议 |
（5）乙型肝炎病毒（HBV）前S1抗原与其DNA相关性研究及基因型分析（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 第一部分 乙型肝炎病毒（HBV）前S_1 抗原与其DNA 相关性研究 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 1、前言 |
| 2、材料与方法 |
| 3、结果 |
| 4、讨论 |
| 5、参考文献 |
| 第二部分 合肥部分地区乙型肝炎病毒基因型分析 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 1、前言 |
| 2、材料与方法 |
| 3、结果 |
| 4、讨论 |
| 5、参考文献 |
| 附录一：原始资料 |
| 附录二：个人简历 |
| 附录三：致谢 |
| 附录四：综述 |
（6）乙型肝炎病毒基因型研究现状（论文提纲范文）
| 1 目前已经确定的HBV基因型 |
| 2 HBV基因型分型方法 |
| 2.1 全基因组序列分型法 |
| 2.2 S基因序列测定 |
| 2.3 聚合酶链反应-限制性片段长度多态性 (Polymerase Chain Reaction-restriction fragment length polymorphism, PCR-RFLP) |
| 2.4 PCR微板核酸杂交酶联免疫分型法 |
| 2.5 基因型特异性表位单克隆抗体酶联免疫分型法 (ELISA) |
| 2.6 特异性线型探针分析法 |
| 2.7 应用型特异性引物聚合酶链反应法 (PCR SSP) |
| 2.8 基因芯片法 HBV |
| 3 HBV基因型的地理分布 |
| 4 HBV基因型与基因突变的关系 |
| 5 HBV基因型与致病性的关系 |
| 6 HBV基因型与抗病毒治疗方面的关系 |
| 7 总结与展望 |
（7）安徽省皖江部分地区自然人群乙型肝炎流行现况（论文提纲范文）
| 英文缩略词 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 研究背景 |
| 第一部分 皖江地区自然人群乙型肝炎流行现况调查 |
| 引言 |
| 资料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第二部分 皖江地区自然人群乙型肝炎病毒基因分型 |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 致谢 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 附表 |
（9）乙型肝炎病毒基因型分型方法的研究进展（论文提纲范文）
| 1 乙型肝炎病毒的基因组结构 |
| 2 HBV基因序列基因型分型方法 |
| 2.1 基因序列测定法 |
| 2.2 PCR-限制性片段长度多态性 (RFLP) 基因分型法 |
| 2.3 单克隆抗体ELISA基因分型法 |
| 2.4 HBV基因型特异性线型探针检测法 |
| 2.5 基因型特异性引物PCR法 |
| 2.6 HBV基因分型芯片 |
| 3 方法学分析 |
（10）改良HBV型特异性引物PCR基因分型方法的建立与应用（论文提纲范文）
| 英汉缩略语名词对照 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 论文正文：改良 HBV 型特异性引物 PCR 基因分型方法的建立与应用 |
| 前言 |
| 1 HBV 的基因分型 |
| 2 HBV 基因型分布的差异性 |
| 3 HBV 基因分型方法的发展 |
| 第一部分 改良 HBV B、C 基因型型特异性引物 PCR 分型法的建立 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 第二部分 两套 HBV B、C 基因型型特异性引物分型体系的比较 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 第三部分 改良 HBV 型特异性引物 PCR 基因分型方法的初步应用 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附图 |
| 文献综述 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的文章 |
四、HBV基因型(A～F)多引物对PCR分型法的初步建立（论文参考文献）
- [1]新型HRM技术在遗传病和药物基因组检测中的应用[D]. 张立辰. 上海交通大学, 2018(01)
- [2]基于DNA纳米技术与原子力显微镜高分辨成像的精准基因检测研究与应用[D]. 刘轲. 上海交通大学, 2018(01)
- [3]PCR及其衍生技术在乙肝病毒基因型检测中的应用进展[J]. 王连栓,孙玉杰,张海林. 检验医学与临床, 2013(03)
- [4]荧光定量PCR分型法检测乙肝病毒B、C基因型的方法学评价及应用研究[D]. 张秀瑜. 重庆医科大学, 2011(11)
- [5]乙型肝炎病毒（HBV）前S1抗原与其DNA相关性研究及基因型分析[D]. 程邦宁. 安徽医科大学, 2009(S2)
- [6]乙型肝炎病毒基因型研究现状[J]. 王金章,张拥军,沈晓娜. 海峡预防医学杂志, 2009(03)
- [7]安徽省皖江部分地区自然人群乙型肝炎流行现况[D]. 周丽鸿. 安徽医科大学, 2009(04)
- [8]皖江地区自然人群HBV M及HBV基因型的检测分析[J]. 周丽鸿,李筱青,宣柳,蔡标,叶冬青,黄芬. 实用预防医学, 2008(06)
- [9]乙型肝炎病毒基因型分型方法的研究进展[J]. 庞保军,司磊. 中国实验诊断学, 2007(05)
- [10]改良HBV型特异性引物PCR基因分型方法的建立与应用[D]. 罗凯. 重庆医科大学, 2007(02)