一、与HIV-1感染相关的MBP基因多态性分析（论文文献综述）
蒋红伟,田洪青[1]（2022）在《男男性行为者CCR5、CCR2、SDF1、CXCR4基因多态性与HIV-1感染关联性分析》文中研究说明目的:研究男男性行为者（MSM）艾滋病病毒感染相关辅助受体CCR5、CCR2、CXCR4和SDF1基因多态性与HIV-1感染的相关性。方法:收集HIV-1抗体确证阳性者纳入病例组,HIV抗体筛查阴性者作为对照组,应用聚合酶链反应（PCR）和DNA测序法,检测两组MSM样本CCR5基因△32（rs333）和59029A/G（rs1799987）、CCR2、SDF1、CXCR4基因外显子区域的等位基因多态性,分析病例组和对照组基因型分布差异与HIV-1感染的相关性。结果:共收集病例组102例,对照组91例,两组样本CCR5基因rs333位点未检出杂合子和纯合子突变,rs1799987A/G位点突变频率为59.59%,病例组和对照组基因型差异分析显示,rs1799987A/G位点变异可能为影响HIV感染的风险因素[比值比（OR）=2.998,95%可信区间（CI）:1.034～8.696];rs1799987A/G、rs1799864、rs1799865、CXCR4、SDF1基因突变频率分别为59.59%、19.95%、26.61%、11.92%和0.26%;CCR2第三外显子测序产物多态性分析发现,病例组和对照组差异有统计学意义（P<0.05）,经多因素回归分析未发现与HIV-1感染明显关联。结论:本地区MSM人群未发现CCR5基因△32突变以及对HIV-1感染的保护作用,59029A/G突变频率较高（为59.59%）,CCR5、CCR2、SDF1和CXCR4基因多态性与HIV-1感染未发现明显关联。
王晓蕊[2]（2021）在《2011-2018年深圳地区HIV-1新型重组毒株形成及流行特点研究》文中研究表明人类免疫缺陷病毒（Human Immunodeficiency Virus,HIV）分为HIV-1型和HIV-2型,HIV-1型又分为M、N、O、P组,其中,M组为HIV在全球引起广泛流行与传播的主要组。HIV-1具有高度的基因多态性,现已发现HIV-1型M组至少包括10种纯亚型（A-D、F-H和J-L）,由于其亚型间易发生重组,目前已报道118种HIV-1 流行重组毒株（Circulating Recombinant Forms,CRFs）,同时,许多HIV-1独特重组毒株（Unique Recombinant Form,URF）也不断被发现。HIV-1重组是造成HIV-1基因多样性的主要原因,不同基因型的HIV-1可能导致HIV-1感染者的疾病进展存在差异。自1990年以来,全球HIV-1重组毒株引起的感染已从9.3%（1990-1999年）快速上升到22.8%（2010-2015年）,中国在内的东亚地区是全球HIV-1亚型间重组最高的地区,高达80.5%。研究发现,中国男男同性性行为者（Men who have sex with men,MSM）中存在高水平的URFs（10例中的9例）传播,提示目前关于CRFs的流行数据可能是被低估的,很多URFs实际已流行和传播。深圳作为我国重要的出入境口岸城市,大量人员流动有利于HIV-1的快速播散,且容易出现各种亚型毒株同时分布及流行的复杂态势。前期在深圳的研究发现,该地区MSM人群至少存在10个以上HIV基因型,同一地区同一人群多个亚型的同时流行为该地区URFs的产生提供了条件。本研究以HIV国际基因数据库和实验室前期在深圳地区产出的大量HIV基因数据为基础,阐明了中国HIV重组毒株的流行状况,鉴定了重要重组毒株基因组结构,分析了重组形成机制和流行特点。目的:1.阐明我国HIV-1新型重组毒株的实际流行状况。2.确定深圳HIV-1新型重组毒株发生状况及其基因组特点。3.分析深圳HIV URFs毒株感染者双重感染与劣势耐药的发生状况。方法:1.基于HIV国际数据库中国HIV-1 pol（2253-3252nt）基因片段序列（至2018年）,通过亚型分析、系统进化分析和聚簇分析鉴定潜在流行重组型毒株（pCRFs）和新型CRFs,分析pCRFs和CRFs的基因组特点,推断新型CRFs的起源时间。2.以深圳地区新诊断的HIV-1感染者为研究对象,结合其背景信息,分析其体内HIV-1 pol区部分基因片段（1.3kb）序列,探究2011-2018年深圳HIV-1 URFs感染比例变化,鉴定新型CRFs;随机选取部分URFs感染者血浆样本（N=126例）,提取病毒核酸（RNA）,经过巢式聚合酶链反应（Nested Polymerase Chain Reaction,Nested PCR）分别扩增HIV-1 5’和3’半分子,拼接HIV-1近似全长基因组（Nearly Full-length genome,NFLG）,分析其基因组特征,发现新的CRFs。3.以病毒核酸为模板,利用Barcode标记引物,经过巢式PCR分别扩增HIV-1 gag 区（p24:1350nt-1831nt）、pol区（A 段:2147nt-2605nt;B段:2525nt-2976nt;C 段:2808nt-3250nt）和 env 区（gp41:8193nt-8654nt）基因片段,PCR 产物经纯化、定量后,送至测序公司进行深度测序,研究2011-2018年深圳地区HIV-1 URFs感染者体内病毒准种多态性,阐明双重感染与劣势耐药的发生状况,分析HIV-1重组机制。结果:1.我国HIV-1具有高度的基因多样性,存在许多潜在的CRFs和新的CRFs。至2018年,中国提交HIV国际基因数据库的病毒序列基因型超过30种,CRFs和URFs高达75.72%,一些在西非、古巴等地流行的CRFs（CRF06cpx和CRF18cpx等）已在中国出现,一些新的CRFs也在我国形成并短期内快速播散,如CRF5501B（323,2.12%）。系统进化分析最终发现pCRFs 17个,其基因组主要是由CRF01AE、B和C亚型重组构成。pCRFs流行人群分析显示,近半数（41.18%,7/17）pCRFs是在MSM人群中发现,提示MSM人群是CRFs形成和流行的关键人群。pCRFs序列组成分析显示,pCRF4和pCRF7包含的序列较多（16条和9条）,提示它们可能已经在中国流行与传播。研究同时鉴定1个新的CRF（CRF11501C）,其由CRF01AE和C亚型重组构成,包含11个来源不同的基因片段,起源时间分析显示其可能于2009.1-2009.7发生重组。2.深圳存在高水平的HIV-1亚型间重组,基因组构成主要以CRF01AE和CRF07BC为亲本毒株。深圳地区HIV-1流行以重组毒株为主（占94.29%）,高于全国（75.72%）。近年在深圳起源并暴发流行的新型重组毒株CRF5501B已成为仅次于CRF07BC 和 CRF01AE 的主要流行毒株。URFs（2.16%）主要由 CRF01AE、B和C亚型毒株重组形成,流行人群以30-39岁未婚男性青壮年人群为主,传播途径以男男同性性行为传播途径为主。近似全长基因组扩增测序共获得19条URFs近似全长基因组序列,都是以CRF01AE、B和C亚型为骨架,与参考序列比对显示B和C亚型片段均为CRF07BC起源,且CRF1090107的发现也说明深圳已出现大量以CRF01AE和CRF07BC为亲本毒株的二代重组毒株。3.深圳地区HIV-1双重感染率较高,二代测序更易检出劣势耐药株。深度测序分析显示,深圳地区HIV-1 URFs毒株感染者中双重感染流行率为38.10%,多基因区段分析结果表明双重感染的HIV-1基因型主要为CRF01AE和CRF07BC。基于1%的劣势耐药株检出限,HIV-1耐药发生率为26.19%。一代测序和二代测序检测蛋白酶抑制剂（Protease Inhibitor,PIs）、非核a苷反转录酶抑制剂（Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors,NNRTIs）和核苷反转录酶抑制剂（Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors,NRTIs）耐药率分别为 0.00,11.90%;0.79%,3.97%（P=0.219）;0.79%,13.49%（P=0.000）,二代测序的NRTIs耐药位点检出率高于一代测序。结论:1.HIV国际基因数据库分析表明中国具有大量潜在的流行重组毒株（pCRFs）和新的CRFs,证实中国CRFs的实际流行情况被低估。2.深圳2011-2018年HIV-1新诊断感染者中存在大量的HIV-1 URFs感染,这些毒株的基因组构成以CRF01AE和CRF07BC为主,存在新的CRFs。3.深度测序可以应用于不同人群HIV-1感染者体内毒株准种研究,能够检出更多的HIV-1劣势耐药位点,能够用于HIV-1双重感染流行分析。
李昕,郝政,李伟,韦丽,朱正平[3]（2020）在《CD4基因多态性与HIV-1发生风险关联性研究的Meta分析》文中研究说明目的目前有很多关于CD4基因多态性与HIV-1发生风险的关联性研究,但彼此结论却不一致,所以本文对该关联性做一个全面的评估。方法搜索截至2020年1月1日之前Pubmed,Web of Science,ScienceDirect,万方和中国知网数据库中所有关于CD4 C868T位点和HIV-1发生风险的关联性研究。关联性强度用比值比（OR）和95%可信区间（CI）来评估。结果最终有3篇文章纳入。病例数共计698人。在显性模型中,和携带CC基因型的相比,携带CT/TT基因型增加了HIV-1的发病风险（OR=1.697, 95%CI:1.107～2.601）。分层分析显示,同样的效应也见于非洲人（OR=1.685, 95%CI:1.056～2.689）和婴儿（OR=2.660, 95%CI:1.139～6.209）。结论 CD4 C868T基因多态性可能与HIV-1易感性相关,需要一些功能性实验及大样本研究来证实。
闫春[4]（2019）在《EB病毒相关肿瘤基因多态性与易感性的相关性研究》文中研究说明目的:探讨胃癌细胞系AGS转染EBV基因组前后多态性位点的改变。分析肌动蛋白超家族蛋白 21 B（Kinesin superfamily protein 21B,KIF21B）rs2297911 位点、成虫大盘基因类似物5（Discs large homolog 5,DLG5）rs1058198位点、小核RNA激活蛋白质复合体（small nuclear RNA-activating protein complex,SNAPc）rs3812561 位点以及微管相关蛋白 9（microtubule-associated protein 9,MAP9）rs1058992 位点多态性与 EB 病毒（Epstein-Barrvirus,EBV）相关肿瘤易感性的相关性,包括EBV相关/阴性胃癌（EBV-associated/-negative gastric cancer,EBVa/nGC）,EBV相关/阴性鼻咽癌（EBV-associated/-negative nasopharyngeal carcinoma,EBVa/nNPC）和 EBV 相关/阴性淋巴瘤（EBV-associated/-negative lymphoma,EBVa/nL）。方法:①采用高通量测序技术检测胃癌细胞系AGS转染EBV前后宿主细胞基因多态性位点的变化。②将AGS与AGS-EBV细胞系差异多态性位点所在基因通过FunRich这一开放访问的网络工具进行分类。③选取KIF21B（rs2297911）,DLG5（rs1058198）,SNAPC4（rs3812561）和 MAP 9（rs1058992）4 个位点,利用 Agena MassArray 系统基因分型。④基因分型数据均采用卡方检验,非条件Logistic回归计算比值比（odds ratio,OR）,P≤0.05为差异有统计学意义。所有统计分析均采用SPSS 21.0软件进行。结果:①在 AGS 和 AGS-EBV细胞,SNP（single nucleotide polymorphism 单核苷酸多态性）位点在基因中的分布位置以非编码区为主,外显子编码区、3’UTR、基因间区、5’UTR、基因下游区域、基因上游区域和基因剪切位点SNP分布数目依次减少。对比两组细胞系SNP位点,筛选出AGS-EBV克隆样本中均与AGS细胞系中存在基因型别差异的SNP位点。差异SNP位点分布比例与总体比例大体一致,以非编码区SNP位点为主,无基因剪切位点SNP位点。②通过高通量测序共检测到928个差异SNP位点,上述SNP所在基因共涉及178个细胞组分,共参与37个生物学过程,所在基因共包含有253种蛋白结构域,共涉及773个生物学通路。③KIF21B（rs2297911）,DLG5（rs1058198）,SNAPC4（rs3812561）,MAP9（rs1058992）检测均符合 HWE 平衡（rs2297911:χ2=1.225,P>0.05;rs3812561:χ2=1.457,P>0.05;rs1058198:χ2=0.116,P>0.05;rs1058992:χ2=0.085,P>0.05）,表明所选对照样本来自于遗传平衡的群体。④EBVaL与对照组比较,KIF21B基因rs2297911位点基因型分布及等位基因分布差异显着（P均<0.05）。G等位基因是EBVaL的危险因素（P=0.009,OR=1.872,95%CI:1.169～2.998）;EBVaNPC 与 EBVaL 相比,KIF21B（rs2297911）基因型分布及等位基因频率不同（P均<0.05）,在G的隐性模型中,EBVaL的GG基因型频率高于EBVaNPC和EBVnNPC（P=0.013,OR=2.125,95%CI:1.169～3.864;P=0.047,OR=4.444,95%CI:1.101～17.939）。EBVaL与NPC（包括EBVaNPC和EBVnNPC）之间的G等位基因也存在显着差异（P=0.005,OR=1.961,95%CI:1.215～3.163;P=0.009,OR=3.241,95%CI:1.297～8.097）;其余各组两两比较,基因型分布及等位基因频率均无明显差异（P>0.05）。⑤EBVaGC与EBVnGC组比较,MAP9基因rs1058992位点基因型分布（P<0.05）及等位基因频率（P<0.05,OR=1.904,95%CI=1.141～3.179）比较差异均有显着性。C隐性模型中,EBVaGC与EBVnGC组比较具有明显差异（P=0.006,OR=2.558,95%CI=1.316～5.010）。EBVnGC与正常对照组C等位基因频率比较差异有显着性（P<0.05,OR=1.724,95%CI=1.036～2.870）;其余各组两两比较,基因型分布及等位基因频率均无明显差异（P>0.05）。⑥SNAPC4基因rs3812561位点和DLG5基因rs1058198位点在患者和正常对照组中,基因型及等位基因均无统计学差异（P均>0.05）。结论:①EBV感染可导致AGS细胞基因出现大量SNPs,提示其感染参与宿主细胞基因结构发生改变的过程。②KIF21B（rs2297911）G等位基因在隐性模型与显性模型中均为EBVaL易感危险因素。③EBVaGC与EBVnGC组比较,MAP9（rs1058992）位点基因型分布及等位基因频率比较差异均有显着性,CC基因型及C等位基因是EBVaGC的危险因素;EBVaGC组较正常对照组C等位基因频率明显增加,C等位基因为EBVaGC危险因素。④SNAPC4基因rs3812561位点和DLG5基因rs1058198位点多态性与EBV相关肿瘤易感性无明显相关性。
孙文娟[5]（2019）在《Cyclophilin A基因多态性及其表达在重度子痫前期发生中的作用及机制的研究》文中研究指明研究背景子痫前期（preeclampsia,PE）是妊娠期特发的严重并发症,以妊娠20周以后发生的高血压、蛋白尿、心肝肾等多脏器功能障碍为主要临床表现,并可引起胎儿生长受限、胎死宫内等不良结局,是目前孕产妇和围产儿致病率和病死率的重要原因,严重威胁母婴健康。多数患者在妊娠终止后病情逐步缓解,但仍有一部分患者会出现不可逆的肝肾等多器官功能损害。根据发病的孕周,重度PE可分为早发型（<34周）和晚发型（≥34周）。早发型重度PE的病情更重,进展更快,更易发生脏器功能损害,心脑血管意外、胎盘早剥、胎死宫内等不良结局的发生率更高,临床上治疗最为棘手。PE发病的核心为子宫螺旋动脉重塑异常与全身血管内皮系统损伤,但发病机制尚不完全明确,因此,阐明妊娠早期滋养层细胞的损伤机制对于明确PE发病机制、寻找临床治疗的药物靶点具有非常重要的意义。炎症免疫过度激活是PE的发病的重要机制之一。研究发现,重度PE患者的母胎界面及全身内皮系统的炎症反应过度激活,TNF-α、IL-6及IL-1βmRNA的表达均显着升高。目前,炎症因子过度激活的分子机制尚不明确,任何导致炎症因子表达增加的因素均可能会参与PE的发病过程。sFlt-1是重要的抗血管生成因子,可竞争性结合VEGF和PIGF,激活氧化应激,导致全身血管内皮损伤及血压升高,诱导PE发病。缺氧诱导因子（hypoxia inducible factor-1α,HIF1α）是重要的转录因子,可负性调节VEGF的表达,抑制血管生成。在重度PE患者的胎盘组织中,sFlt-1与HIF1α的表达显着增加。因此,sFlt-1与HIF1α是参与PE发病的重要因子。亲环素A（CyclophilinA,CypA）是体内重要的炎症因子,是亲环素蛋白家族中分布最广泛、表达最丰富的一员。CypA有细胞内和细胞外两种存在形式,细胞内CypA（intracellular CypA,iCypA）参与蛋白质的折叠、转运与功能,而在缺氧、感染、氧化应激等疾病状态下,iCypA可分泌到细胞外（extracellular CypA,eCypA）,介导细胞间的通讯与信息传导,参与细胞的凋亡、侵袭与迁移和氧化应激反应等。已证实,eCypA介导心血管系统多种疾病的发生发展,如动脉粥样硬化、冠状动脉疾病、肺动脉高压等。PE与心血管疾病在发病的高危因素及病理改变上有着诸多的共同点,因此,eCypA可能也参与了重度PE的发病过程。CypA 的编码基因为 PPIA（peptidylprolyl isomerase A）,位于 7p13 染色体区域,包含多个基因型。研究表明,CypA基因多态性与冠状动脉疾病的发病及疾病的严重程度密切相关。目前,尚未有CypA基因多态性及其表达与重度PE相关性的研究报道。本研究即对CypA基因多态性与重度PE的相关性进行探讨,并通过检测外周血及胎盘组织中CypA的表达分析其与重度PE发病的关系,进一步通过体外细胞学实验探讨eCypA对JEG3滋养细胞炎性因子的表达、凋亡及sFlt-1与HIF1α表达的影响,寻找其中可能的分子机制,为重度PE的发病机制和临床治疗提供实验依据。第一部分Cyclophilin A基因多态性与重度子痫前期相关性的研究研究目的探讨 Cyclophilin A 基因 SNP rs3735481,rs9638978 和 rs11984372 的多态性与重度子痫前期的相关性。研究方法选择2015年7月至2017年9月在山东大学第二医院产科分娩的261例孕妇为研究对象,依据病情分为重度子痫前期组（preeclampsia group,PE组）82例,正常妊娠组（control group,对照组）179例。将PE组进一步分为早发型重度 PE（early-onset PE group,e-PE 组,n=38）和晚发型重度 PE（late-onset PE group,1-PE组,n=44）两组。于分娩前抽取其空腹静脉血,提取单核细胞DNA。通过Haploview软件分析CyclophilinA（CypA）编码基因PPIA所在区域连锁不平衡状况,选择 SNP 位点 rs3735481,rs9638978 和 rs11984372。利用 TaqMan 探针法对外周血DNA进行等位基因分型测定。分析三个SNP位点等位基因频率及基因型在共显性、显性、隐性及过显性遗传模型下与重度PE的相关性,进一步探讨其与e-PE和1-PE的相关性。结果1.rs3735481基因分型测定显示,PE组与对照组中均存在AA、AC和CC三种基因型,等位基因A与AA基因型占优势,等位基因C与CC基因型最少。两组相比,PE组等位基因C的频率（14.6%）显着低于对照组（22.3%）（OR:0.6,95%CI:0.36-0.98,P<0.05）,而等位基因型频率的差异无统计学应意义（P>0.05）。2.rs9638978基因分型测定显示,PE组和对照组均存在AA、AG和GG三种基因型,PE组等位基因A的频率（37.20%）显着高于对照组（27.65%）（OR:1.55,95%CI:1.05-2.29,P<0.05）,而基因型频率的差异无统计学意义（P>0.05）。3.rs1 1984372基因分型测定显示,PE组和对照组均只存在AA、AC两种等位基因型,CC基因型均未检出,两组中等位基因A和AA基因型均占显着优势（92.68%vs.94.41%,96.34%vs.97.21%）,等位基因与基因型的频率差异均无统计学意义（P>0.05）。4.四种遗传模型下分析显示,rs3735481与rs9638978基因型频率的差异均无统计学意义（P>0.05）。rs1 1984372因缺少CC基因型,仅作共显性分析,无显着性差异（P>0.05）。5.进一步分组显示:与对照组相比,e-PE组rs9638978等位基因A的频率显着高于对照组（P=0.002）,Codominant模型AA vs.GG具有显着性差异（OR:5.75,95%CI:2.01-16.48,P<0.001）,Dominant 模型（AA+AG）vs.GG 具有显着性差异（OR:2.29,95%CI:1.09-4.82,P<0.05）,Recessive 模型 AA vs.（GG+AG）具有显着性差异（OR:4.32,95%CI:1.67-11.17,P<0.01）;而 1-PE组与对照组相比,rs9638978等位基因频率及四种遗传模型下的基因型频率的差异均无统计学意义（P>0.05）。结论1.Cyclophilin A rs3735481和rs9638978的多态性与重度PE的发病相关。2.rs3735481等位基因C可能对重度PE的发病起保护作用;rs9638978等位基因A可能与重度PE的发病风险升高有关。3.rs9638978的等位基因A与AA基因型与早发型重度PE的发病相关。提示,CypA rs9638978 A/G多态性可能是早发型重度PE发病的易感基因。第二部分外周血与胎盘组织Cyclophilin A的表达与重度子痫前期相关性的研究研究目的探讨妊娠女性的外周血和胎盘组织中Cyclophilin A（CypA）的表达水平与重度PE的关系,及CypA基因多态性表达差异对重度PE发病的影响。研究方法根据年龄匹配原则在第一部分研究对象中选取本部分研究对象,分为PE组和对照组,PE组进一步分为e-PE组和l-PE组。于分娩前留取其空腹静脉血,胎盘娩出后5min内留取胎盘组织。利用ELISA法检测外周血CypA的表达水平,qRT-PCR法检测胎盘组织CypA mRNA的表达,Western blotting法、免疫组化及免疫荧光方法检测胎盘组织CypA的蛋白表达。结果1.ELISA检测显示,PE组患者外周血CypA的表达水平显着高于对照组（P=0.0003）,进一步分组显示,e-PE组与l-PE组患者外周血CypA表达水平均显着升高（P<0.01）,其中e-PE组的表达水平最高,但与1-PE组相比,无统计学差异（P>0.05）。2.Pearson相关性分析显示,外周血CypA表达水平与孕妇收缩压（r=0.37）及舒张压（r=0.24）均呈正相关（P<0.05）。3.ELISA检测显示,rs3735481 AC基因型孕妇的外周血CypA表达水平显着低于AA基因型（P=0.0185）;rs9638978 AA基因型孕妇的外周血CypA表达水平显着高于AG和GG基因型（P<0.05）,而AG和GG基因型孕妇的外周血CypA的表达差异无统计学意义（P>0.05）;rs11984372 AA和AC基因型孕妇外周血CypA的表达水平亦无显着性差异（P>0.05）。4.qRT-PCR检测显示,PE组患者胎盘组织CypA mRNA的表达水平显着高于对照组（P<0.05）,且e-PE组和1-PE组胎盘组织CypA mRNA的表达水平均显着升高（P<0.05）,其中,e-PE组胎盘组织CypA mRNA的表达水平最高。5.Western blotting检测显示,PE组胎盘组织中CypA蛋白的表达水平显着高于对照组（P<0.05）。免疫荧光与免疫组化显示,PE组胎盘组织中CypA蛋白的表达显着升高,且主要定位于细胞外间质中,正常胎盘组织中亦有少量表达。结论1.重度PE尤其是早发型重度PE患者外周血CypA的表达水平显着升高,且其表达水平与孕妇的收缩压和舒张压水平呈正相关。提示,外周血CypA的高表达与重度PE的发病密切相关,CypA表达水平可反应病情的严重程度,或可成为重度PE的预测与病情评价的重要血清标志物。2.重度PE患者胎盘组织中CypA的表达水平显着升高,提示胎盘组织中CypA的表达升高与重度PE的发病密切相关。3.外周血CypA的差异表达与其基因多态性密切相关。rs3735481等位基因C与CypA的低表达有关,可能对重度PE的发病有保护作用;rs9638978等位基因A与CypA的高表达有关,可能参与了重度PE的发病。第三部分细胞外Cyclophilin A参与子痫前期发病的机制探讨研究目的探讨细胞外Cyclophilin A对JEG3细胞炎性相关因子的释放及凋亡的影响,及对sFLT1表达的影响,进一步沉默HIF1α,检测eCypA对HIF1α信号通路的影响,探讨eCypA参与PE发病的可能机制。研究方法体外培养JEG3滋养细胞系,利用外源性人重组CypA（hrCypA）蛋白模拟eCypA干预细胞,通过qRT-PCR法检测相关炎症因子TNF-α、IL-6、IL-1β的mRNA的表达变化,流式细胞法及TUNAL法检测细胞的凋亡,western blotting法检测 p65、p-p65、IκBα、p-IκBα、caspase3、cleaved-caspase 3、parp1、cleaved parp1、P53、FLT1、HIF1α的表达,ELISA法检测细胞sFlt-1、IL-1β的分泌水平;并利用慢病毒载体介导的小干扰siRNA技术沉默HIF1α基因的表达,进一步检测IL-1β、p65、p-p65、Flt-1、sFlt-1表达及细胞凋亡的变化。结果1.qRT-PCR 显示,hrCypA 干预 JEG3 细胞后,TNF-α、IL-6、IL-1β 的 mRNA 表达水平显着升高（P<0.05）,且随hrCypA浓度增加,mRNA表达水平呈升高趋势;Westernblotting显示:p-p65、p-IκBα的表达水平显着升高（P<0.05）,且表达水平随hrCypA浓度增加而升高。2.流式细胞学和TUNEL法检测显示,hyCypA干预JEG3细胞后,细胞的凋亡明显增加（P<0.05）,且随hrCypA浓度增加,细胞凋亡呈增加趋势;Western bloting显示:cleaved caspase 3、cleaved parp1 的表达水平显着升高（P<0.05）,而 P53表达水平升高不明显（P>0.05）。3.qRT-PCR显示,hyCypA干预JEG3细胞后,FLT1的mRNA表达水平显着升高（P<0.05）,且表达水平随CypA浓度增加而升高;Western blotting示:FLT1蛋白的表达显着升高（P<0.05）;ELISA显示:分泌型sFlt1的表达显着升高（P<0.05）,且表达水平随hrCypA浓度增加而升高。4.Western blotting显示,hyCypA干预JEG3细胞后,Hif1α的表达显着升高（P<0.05）。qRT-PCR显示:慢病毒载体介导Hif1αsiRNA转染JEG3细胞后,Hif1αmRNA的表达显着降低（P<0.05）,转染效果好。5.hrCypA 干预 Hif1α siRNA 转染的 JEG3 细胞后,Western blotting 显示,与 NC组相比,CypA/NC组FLT1和p-p65蛋白的表达显着升高（P<0.05）,而CypA/siHiflα组FLT1、p-p65蛋白的表达受到明显抑制（P<0.05）;ELISA显示,与NC组相比,CypA/NC组sFLT1和IL-1β的表达水平显着升高,而CypA/siHif1α组sFLT1和IL-1β的表达受到显着抑制（P<0.05）;TUNEL法检测示:与NC组相比,CypA/NC组细胞的凋亡显着增加（棕色为染色阳性细胞,即凋亡细胞）,而siHif1α组细胞的凋亡较CypA/NC组明显减少,且凋亡细胞的着色程度明显减轻。结论1.细胞外CypA对滋养细胞具有促炎作用。2.细胞外CypA通过caspase 3途径促进滋养细胞凋亡。3.细胞外CypA可促进滋养细胞sFLT1的分泌。4.细胞外CypA可激活Hif1α信号通路,而沉默Hif1α可显着抑制其诱导的儿-1β、p-p65、sFLT1的表达及细胞的凋亡。提示,细胞外CypA可通过Hif1α信号通路调控其对滋养细胞的促炎、促凋亡及促sFLT1分泌功能。
陈璐斯[6]（2019）在《MSM人群HIV+/AIDS进程影响因素及梨支原体共感染的流行病学研究》文中进行了进一步梳理研究背景与目的:男男性行为人群（Men who have sex with men,MSM）作为公认的HIV感染和传播的高危人群,是我国艾滋病防控工作的重点目标人群之一。自“四免一关怀”政策实施以来,我国全面推行免费艾滋病抗病毒治疗,在一定程度上延缓了HIV感染者的病程,降低了病死率。然而,不同个体的疾病进程依然存在差异,且有研究显示MSM人群中HIV+/AIDS者的疾病进程进展较快。HIV感染的疾病进程受到包括生物医学、社会心理等多种相关因素的影响,其他病原体的合并感染也可能对病程产生影响。前期研究显示,该人群中梨支原体（Mpi）感染与患者的免疫功能存在关联,但此种合并感染对机体及病程产生的影响并不明确。深入探究病程的影响因素及作用机制,有助于制定更有针对性的防治对策和措施,进一步降低HIV感染率和艾滋病病死率。因此本论文在既往研究的基础上,开展人群与实验室研究,一方面以江苏省接受抗病毒治疗的MSM人群为研究对象,了解该人群HIV感染的疾病进程,分析影响病程的相关生物、社会心理等因素;另一方面建立HIV与Mpi感染细胞模型,利用转录组测序,结合生物信息学方法,分析合并感染对免疫功能的影响及与病程的可能关联。旨在为MSM人群中HIV+/AIDS者更好地控制病程发展以及在该人群中更有效地实施艾滋病控制和干预提供科学依据。研究方法:1、回顾性收集国家实行免费艾滋病抗病毒治疗（2003年）至2016年6月期间,江苏省南京、无锡两地接受抗病毒治疗的MSM人群的随访资料,分别以观测终点是否死亡、是否发展为AIDS为结局,应用Cox比例风险模型分析影响该人群死亡及疾病进展的相关因素。另外,运用线性混合效应模型探索抗病毒治疗后CD4+T淋巴细胞计数变化情况及相关的影响因素。2、以南京市某艾滋病抗病毒治疗门诊接受抗病毒治疗的MSM人群为研究对象,运用流行病学调查结合访谈收集其基本信息、个人社会网络信息及是否告知HIV感染情况及性行为特征等社会心理相关信息。运用logistic回归分析与HIV感染疾病进程的社会心理相关因素;了解该人群HIV感染及同性性行为告知情况,并结合个人特征及社会网络特征,采用GEE模型分析影响告知行为的相关因素。3、利用HIV感染者及健康者的外周血单核细胞（PBMC）和梨支原体脂质相关膜蛋白（LAMPs）,建立Mpi与HIV共感染的体外细胞模型共四组,分别为Mpi与HIV共感染组、单纯HIV感染组、单纯Mpi感染组和正常组,每组设立两个平行样。采用Illumina平台对不同感染组的总RNA测序获得相应的转录本,分析筛选不同感染条件下表达水平显着差异的基因。运用GO、KEGG等数据库,对筛选出的差异基因进行富集分析,探讨与差异基因显着相关的生物功能或通路。主要研究结果:1、回顾性收集了 2096例接受抗病毒治疗的MSM人群,平均年龄为39.51±12.27岁,54.47%调查对象未婚,77.05%有高中及以上学历。开始接受抗病毒治疗时（基线）75.29%为HIV感染者,24.71%为AIDS患者;至观测终点时,57.42%为HIV感染者,42.58%为AIDS患者。平均随访时间为52.30±25.18月,随访最短为5个月,最长为148个月,随访至观测终点时,共有41例患者死亡,其中艾滋病相关死亡为19例。2、分析该人群的艾滋病相关死亡因素显示,基线CD4+T淋巴细胞水平越高,死亡的风险越低（HR=0.026,95%CI 0.003-0.198）。分析影响该人群疾病状态的相关因素显示,相对于基线CD4+T淋巴细胞计数<350cells/mm3的感染者,基线CD4+T淋巴细胞计数在350-500cells/mm3及>500cells/mm3的患者发展为AIDS 的风险更低（HR=0.594,95%CI0.469-0.754）（HR=0.281,95%CI0.195-0.407）;按照不同抗病毒治疗标准实施时间进行亚组分析显示,不同的抗病毒治疗方案与AIDS的发展也存在关联,相对于包含TDF的治疗方案,包含AZT的治疗方案发展为AIDS的风险更大（HR=1.541,95%CI1.097-2.166）;有STIs感染史的患者及开始接受抗病毒治疗的年龄越大的患者,发展为AIDS的风险越高（HR=1.725,95%CI1.153-2.580）,（HR=1.028,95%CI1.003-1.053）。3、线性混合效应模型分析显示,随着治疗时间的增加,CD4+T淋巴细胞计数也增加;基线CD4+T淋巴细胞水平越高,后期CD4+T淋巴细胞计数越高,但增长速度更慢。4、现场调查纳入87例HIV感染的MSM人群,平均年龄为35.87±13.81岁,58.5%的人具有大学及以上的学历,第一次发生同性性行为的年龄为24.05±9.87岁。55.17%的患者告知了自己感染了 HIV,58.62%的患者告知了自己发生过同性性行为。该人群共提名了 309名社会网络成员,平均社会网络大小为3.49±2.15人,网络成员中男性占56.96%,主要的类型为家庭成员（39.81%）,朋友（38.51%）及同学或同事（21.68%）。5、HIV感染的告知与否与其疾病进程相关,相比较不告知者,告知者CD4+T淋巴细胞计数更高（OR=2.62,95%CI1.10-6.26）。分析与HIV感染告知的相关因素显示,告知自己同性性行为的患者也更愿意告知自己的疾病状态（OR=6.59,95%CI4.08-10.55）,且主要告知对象为朋友（OR=5.16,95%CI2.03-13.10）或家人（OR=6.22,95%CI 2.52-15.33）。6、体外建立的共感染模型显示,梨支原体的LAMPS刺激最佳条件为终浓度0.5mg/ml,刺激时间为6小时。与正常组相比,Mpi感染组中,表达上调的基因369个,下调基因331个。表达升高的基因包括IL6、IL1β、ISG15、IFIT3和HERC5等细胞因子及干扰素诱导相关因子。对差异基因进行GO功能富集分析,结果显示主要差异基因的功能为对细菌感染和其他微生物的防御反应及Ⅰ型干扰素激活等。对差异基因进行KEGG富集分析显示,差异基因主要富集在细胞因子与受体之间的相互作用（hsa04060）,IL-17信号通路（hsa04657）等通路。7、与单纯HIV感染组相比,Mpi与HIV共感染组中上调基因197个,下调基因277个。上调基因包括HERC5、MX2和TRIM22等干扰素诱导相关基因,GO功能富集分析显示差异基因的主要功能为对病毒的防御反应和对其他微生物的防御反应等;利用KEGG进行通路分析显示,显着的通路为细胞因子及细胞因子受体的相互作用（hsa04060）、NOD样受体信号通路（hsa04621）等。主要研究结论和建议:1、利用江苏省接受抗病毒治疗的MSM人群的随访资料回顾性分析显示,基线CD4+T淋巴细胞水平越低,开始接受抗病毒治疗时的年龄越大,发展为AIDS的风险越大,提示应尽早发现HIV感染者,及时给予规范的抗病毒治疗,有助于控制病情发展,降低死亡风险。2、愿意告知HIV感染状态的MSM人群免疫状态更好,提示良好的社会支持和心理状态对控制病程有一定的作用。而调查显示该人群社会网络偏小,仅部分患者告知过自己的疾病状态或性行为特征,提示社会文化环境中依然存在对HIV感染及MSM人群的歧视和偏见,限制了该人群的告知行为。为了更好地在该人群中进行艾滋病管理和干预,除了针对患者实施早发现早治疗等措施,也应结合家庭、社区等力量,营造宽容支持的氛围,鼓励该人群主动及时地告知疾病及性行为特征的情况,使其可以积极应对HIV感染,更好地控制病情发展。3、Mpi可以在HIV感染的PBMC中刺激HERC5、MX2、TRIM22等基因表达增多,这些基因编码的蛋白具有激活或上调机体细胞免疫水平的作用,提示Mpi与HIV共感染时,能够在一定程度上限制病毒的复制,从而影响病程的发展,但该结论有待进一步验证。
丁国彦[7]（2019）在《TNF-α基因多态性与HIV-1感染的易感性和治疗后CD4+T细胞的相关性研究》文中研究指明目的:肿瘤坏死因子-a（tumor necrosis factor-a,TNF-α）作为一种促炎细胞因子,在炎症、自身免疫性、恶性疾病和人类免疫缺陷病毒（HIV）感染中起着至关重要的作用,基因多态性可能影响其产生。本课题旨在了解TNF-α血浆水平与HIV-1感染发生发展的关系以及TNF-α血浆水平与抗逆转录病毒治疗后CD4+T细胞数量差异的关系;探讨TNF-α基因rs1800629,rs361525,rs1800630三个位点基因多态性与HIV-1感染的遗传易感性和HIV-1感染者抗逆转录病毒治疗后CD4+T细胞恢复情况的相关性。为HIV-1感染的预防提供新的遗传标记,为HIV-1感染的发生发展、治疗和防止因HIV-1感染引起的并发症提供靶标。方法:在本课题中,采用酶联免疫吸附试验（enzyme linked immunosorbent assay,ELISA）方法检测HIV-1感染者88例（CD4+T细胞>200个/微升组56例,CD4+T细胞<200个/微升组32例）和对照组60例的血浆TNF-α水平,比较各组间的TNF-α浓度,采用秩和检验分析血浆TNF-α水平与HIV-1感染的相关关系。采用Snapshot方法分别检测HIV-1感染者248例和对照组131例的TNF-α基因rs1800629,rs361525,rs1800630三个位点单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）,并运用一代测序法进行验证。应用在线软件对三个位点进行哈-温平衡（Hardy-Weinberg eguiliberum,HWE）检测。采用卡方检验分析病例组和对照组中基因型和等位基因频率分布的差异。通过Logistic回归分析校正性别、年龄等混杂因素,同时分析比值比（Odds ratio,OR）和相应95%可信区间（Confidential interval,CI）,筛选出HIV-1感染的易感基因型和等位基因。采用在线软件SHEsis进行单倍型分析。采用线性回归对性别、年龄、基线CD4+T细胞数和治疗时间间隔等因素进行校正,筛选出对HIV-1感染抗病毒治疗后CD4+T细胞计数恢复情况的独立影响的基因型和等位基因。结果:1.HIV-1感染组和对照组TNF-α基因rs1800629,rs361525和rs1800630三个位点基因型频率分布均符合哈-温平衡（P>0.05）,具有群体代表性和可比性。2.HIV-1感染组和对照组血浆TNF-α水平差异具有统计学意义（P<0.05）。CD4+T细胞>200个/微升组和对照组与CD4+T细胞<200个/微升组比较,血浆TNF-α水平差异具有统计学意义（P<0.05）,但CD4+T细胞>200个/微升组和对照组血浆TNF-α水平差异无统计学意义（P=0.304,P>0.05）。3.TNF-α基因rs1800629位点在HIV-1感染组中有GG、GA、AA三种基因型,在对照组中只有GG、GA两种基因型,与GG基因型相比,GA基因型可增加HIV-1感染的患病风险（OR=2.456,95%CI:1.424-4.235,P=0.001）与G等位基因相比,A等位基因也可增加HIV-1感染的发病风险（OR=2.367,95%CI:1.428-3.924,P=0.001）。对性别分层后,在男性人群中,rs1800629 GA基因型可能增加HIV-1感染的患病风险（OR=3.247,95%CI:1.624-6.492,P=0.001）,与G等位基因相比,A等位基因也可增加HIV-1感染的发病风险（OR=2.728,95%CI:1.442-5.161,P=0.002）。在女性人群中,rs1800629位点基因型、等位基因、显性模型和隐性模型对HIV-1感染发病风险的影响无统计学意义。4.TNF-α基因rs361525位点只有GG和GA两种基因型,只在对照组检测到一个杂合子GA基因型,在病例组检测到三个杂合子GA基因型,其余全为GG基因型。5.TNF-α基因rs1800630位点存在CC、CA和AA三种基因型,各基因型、等位基因、显性模型CC vs CA+AA和隐性模型CA+CC vs AA对HIV-1感染的发病风险均无关。对性别进行分层后,无论在男性人群还是女性人群,均未发现rs1800630位点基因多态性与HIV-1感染的发病风险有关。6.TNF-α基因rs1800629和rs1800630两个位点构建的AC单倍型与HIV-1感染者的患病风险相关（P=0.001,OR=2.259,95%CI:1.362-3.748）。7.TNF-α基因rs1800629位点GA基因型治疗后CD4+T淋巴细胞计数明显低于GG基因型（B=-70.736,P=0.005,95%CI:-119.706,-21.766）,差异有统计学意义。携带A等位基因的患者治疗后CD4+T淋巴细胞计数明显低于携带G等位基因的患者（B=-64.448,P=0.003,95%CI:-106.262,-22.635）差异有统计学意义。性别分层后,携带rs1800629 GA基因型和A等位基因的男性患者治疗后CD4+T淋巴细胞水平较低,携带A等位基因的女性患者治疗后CD4+T淋巴细胞计数也较低。8.rs1800630基因型和等位基因对HIV-1感染者抗逆转录病毒治疗后CD4+T淋巴细胞计数恢复的影响无统计学意义。结论:1.CD4+T细胞小于200个/微升组的HIV-1感染者血浆中TNF-α水平显着高于健康对照组和CD4+T细胞大于200个/微升组的HIV-1感染者血浆中TNF-α水平。2.TNF-α基因rs1800629位点GA基因型和A等位基因可能增加男性健康人群患HIV-1感染的风险。3.TNF-α基因rs1800629、rs1800630两个位点构建的AC单倍型可增加HIV-1感染的风险。4.TNF-α基因rs1800629位点A等位基因是HIV-1感染者抗逆转录病毒治疗后CD4+T细胞恢复较差的独立影响因素。5.携带TNF-α基因rs1800629位点GA基因型的男性HIV-1感染者抗逆转录病毒治疗后CD4+T细胞恢复较差。6.TNF-α基因rs1800630、rs361525两个位点与HIV-1感染的易感性和抗逆转录病毒治疗后CD4+T细胞计数的恢复无相关性。
周明[8]（2019）在《ZNRD1基因多态性和HIV-1感染的易感性及治疗前后CD4+T细胞的相关性研究》文中研究说明目的:近年研究表明,锌带蛋白基因1（ZNRD1）基因编码由两个锌带结构域组成的蛋白质,最近从人类HLA基因座克隆,参与转录调控,并可能在多个生物学过程中发挥潜在的中介作用,包括多药耐药、肿瘤发生和细胞周期。本研究通过检测ZNRD1基因rs3869068、rs16896970、rs1048412共三个位点的单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism）,探讨广西地区人群ZNRD1基因与HIV-1病毒感染发病风险的相关性及抗病毒治疗前后CD4+T细胞的相关性。方法:本课题纳入研究对象共369例,其中病例组237例,健康对照组132例。并运用SnaPshot方法分别检测ZNRD1 rs3869068、rs16896970和rs1048412三个位点的基因多态性,并利用一代普通测序法（Sanger）对样本进行基因测序验证,计算其等位基因和基因型的分布频率。采用拟和优度χ2检验对三个单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）位点进行哈-温平衡（Hardy-Weinberg equilibrium,HWE）检验,检测对照组和病例组纳入人群是否来自同一孟德尔群里,是否具有群体代表性及可比性。通过非条件Logistic回归分析校正年龄、性别后,计算比值比（Odds ratio,OR）和95%可信区间（Confidential interval,CI）,分析三个SNP位点基因多态性与HIV-1病毒感染遗传易感性的关系及抗病毒治疗前后CD4+T细胞的相关性。结果:1.对照组及HIV-1组中的ZNRD1基因的三个多态性位点rs3869068、rs16896970、rs1048412三组基因型均符合Hardy-Weinberg平衡,本课题所选的检测样本均具有可比性及群体代表性。2.rs3869068位点有CC、CT、TT三种基因型,与对照组相比,ZNRD1基因rs3869068位点突变基因型CT、TT、等位基因T、显性模型CT+TT、隐形模型CT+CC的携带频率与HIV-1感染的发病风险不具有统计学差异（P值均大于0.05）。经过logistic回归分析校正年龄和性别亦不具有统计学差异。在性别分层后的比较中,对照组和HIV-1感染的发病风险亦无相关性。3.rs16896970位点有AA、AG、GG三种基因型,与对照组相比,ZNRD1基因rs16896970位点突变基因型AG、GG、等位基因G、显性模型AG+GG携带频率与HIV-1感染相比,均可降低HIV-1感染的发病风险（P值均小于0.05）。隐性模型（AA+AG）也可增高HIV-1感染的发病风险。在性别分层后的比较,在男性人群中,ZNRD1 rs16896970位点突变杂合子AG、突变纯合子GG、等位基因G、显性模型AG+GG可降低HIV-1感染的患病风险,而隐性模型AA+AG增加HIV-1感染的患病风险（P值均小于0.05）。在女性人群中,ZNRD1 rs16896970位点突变杂合子AG、突变纯合子GG、等位基因G、显性模型AG+GG、隐性模型AA+AG均未见存在差异（P值均大于0.05）。4.rs1048412位点有AA、AG、GG三种基因型,与对照组相比,ZNRD1基因rs1048412位点突变基因型AG、GG、等位基因A、显性模型AG+GG、隐性模型AG+AA的携带频率与HIV-1感染的发病风险不具有统计学差异（P值均大于0.05）。经过logistic回归分析校正年龄和性别亦不具有统计学差异。在性别分层后的比较中,对照组和HIV-1感染的发病风险亦无相关性。5.分析ZNRD1基因rs3869068、rs16896970、rs1048412三个snps不同基因型与HIV-1感染者治疗后CD4+T细胞的变化的影响。在rs3869068位点,CC、CT、TT基因型与HIV-1感染者治疗后的CD4+T细胞无相关性（P值均大于0.05）。在rs16896970位点,AA、AG、GG基因型与HIV-1感染者治疗后的CD4+T细胞无相关性（P值均大于0.05）。在rs1048412位点,AA、AG、GG基因型与HIV-1感染者治疗后的CD4+T细胞亦无相关性（P值均大于0.05）。6.分析不同基线CD4+T细胞水平ZNRD1基因rs3869068、rs16896970、rs1048412三个snps基因型与HIV-1感染患者的易感性。通过非条件Logistic回归分析,经校正性别年龄因素,计算基因型、等位基因对疾病的OR值及95%cl。结果发现,rs3869068和rs16896970位点,基因型、等位基因与基线CD4+T细胞的高低无相关性（P值均大于0.05）。在rs1048412位点,与AA基因型相比,AG基因型、A等位基因相对于基线CD4+T细胞（<100）组,差异有统计学意义（（P值均小于0.05））。结论:1、ZNRD1 rs16896970位点突变杂合子AG、突变纯合子GG、等位基因G、显性模型AG+GG可降低HIV-1感染的患病风险,而隐性模型AA+AG增加HIV-1感染的患病风险。2、ZNRD1rs3869068、rs1048412基因多态性与HIV-1感染的患病风险无明显相关。3、男性人群中,ZNRD1 rs16896970位点突变杂合子AG、突变纯合子GG、等位基因G、显性模型AG+GG可降低HIV-1感染的患病风险,而隐性模型AA+AG增加HIV-1感染的患病风险。4、ZNRD1基因三个rs3869068、rs16896970、rs1048412的基因多态性跟治疗后CD4+细胞水平无明显相关性。5、ZNRD1 rs1048412跟基线CD4+T细胞水平有明显相关性,有AG基因型和G等位基因的HIV-1感染者治疗前基线CD4+T细胞水平高,整体的免疫功能好。6、ZNRD1rs3869068、rs16896970跟基线CD4+T细胞水平无明显相关性。
王晓辉,宋俊敏,杨峥嵘,陈琳,谭京广[9]（2016）在《HLA-A*02、A*24基因多态性与中国汉族人群HIV-1易感性的关系》文中认为目的探索中国汉族人群人类白细胞抗原HLA-A、B、DR基因多态性与HIV-1易感性之间的关系。方法应用序列特异引物PCR法对HIV-1高暴露不感染人群、健康对照人群和HIV-1感染人群进行HLA分型,分析HLA基因多态性位点在两组或三组人群之间分布的差异。结果三组人群HLA-A、B、DR基因多态性位点中A*03和B*55的分布差异有统计学意义（P<0.05）,但这两个位点为低丰度位点。健康对照人群HLA基因型的分析发现,HLA-A*02和A*24基因型在CD8+T细胞HLA-DR表达高低两组的分布差异有统计学意义（P=0.020,0.038）,等位基因分析也验证了该位点突变的意义（P=0.007,0.009）。A*02多态性变异与CD8+T细胞HLA-DR表达有显着性负相关（r=-0.257,P=0.008）,该位点基因突变与CD8+T细胞HLA-DR的低表达密切相关;A*24多态性变异与HLA-DR在CD8阳性细胞表面的表达有显着性正相关（r=0.195,P=0.045）,该位点基因突变与CD8+T细胞HLA-DR的高表达密切相关。结论 HLA-A*02基因多态性变异可能是中国汉族人群HIV-1感染的保护性因素,而HLA-A*24基因多态性变异可能是感染的危险因素。
涂丹[10]（2016）在《男同性恋者HIV感染相关基因SNP多态性及DEFB1 rs11362功能验证研究》文中研究说明背景:男同性恋人群因其生理结构及其高危性行为特点,致其成为HIV（Human Immunodeficiency Virus）的高暴露、高感染群体,然而个体的HIV感染存在一定的差异。宿主的遗传差异,如单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）在HIV感染的个体差异中发挥重要作用。目前,男同性恋人群HIV感染相关基因SNP的筛查已逐渐引起研究者的关注。目的:在男同性恋人群中筛查与HIV感染相关的基因及SNP,构建含易感基因相关SNP位点序列的表达载体,验证部分SNP不同基因型对基因功能的影响。方法:1.采用成组病例-对照研究设计,方便抽样方法抽取研究对象,其中病例组为HIV+,对照组为HIV-;2.从HIV感染相关的候选基因中,根据SNP的MAF（Minor Allele Frequency）值、功能意义等选择SNP位点,通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法（Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry,MALDI-TOF-MS）,对研究对象进行基因分型检测;3.以pGL3-Basic载体,构建目的基因启动子-pGL3-Basic重组质粒,将重组质粒转染至真核细胞中,测定细胞表达活力。结果:1.病例组与对照组人群社会人口学特征和HIV暴露风险没有显着性差异;2.在176例HIV+和207例HIV-男同性恋样本中共扫描检测24个SNPs位点,其中19个符合H-W平衡（Hardy-Weinberg Equilibrium）,TLR3基因编码区rs3775291位点等位基因和基因型频率在病例组和对照组中的分布具有显着性差异（等位基因:??=8.105,P=0.004;基因型:??=9.410,P=0.009）,其中T等位基因分布频率在对照组中高于病例组（38.2%vs.28.4%）,提示T可能作为保护性因素降低HIV易感性（OR=0.643,95%CI0.474-0.872）,T可能以隐性模型（TT vs.CC+CT）方式降低HIV感染风险（OR=0.372,95%CI 0.186-0.744,P=0.004）,本研究还发现细胞防御素基因DEFB1启动子区域多态性位点rs11362的等位基因分布频率在病例组和对照组中有显着性差异（??=4.707,P=0.03）,其中,G等位基因在病例组中分布频率高于对照组（65%vs.58%）,G可能使宿主HIV感染风险升高（OR=1.384,95%CI 1.031-1.857）,G可能以隐性模型（AA+AG vs.GG）方式影响HIV易感性（OR=1.629,95%CI 1.076-2.465,P=0.021）;3.本研究成功构建了DEFB1启动子-pGL3-Basic-重组质粒,DEFB1基因启动子能够高效地启动下游基因表达,转染rs11362-G型质粒的的酶活性比rs11362-A型质粒强（P<0.01）。结论:1.本研究成功筛选24个HIV感染相关SNPs,19个SNPs符合H-W平衡;2.TLR3基因rs3775291多态性和DEFB1基因启动子多态性位点rs11362与HIV易感性之间可能存在关联,rs3775291位点T等位基因可能降低宿主的HIV易感性;3.DEFB1基因启动子能高效地启动下游基因表达,DEFB1基因的启动子rs11362多态性可能对基因表达有调控作用,G等位基因可能使DEFB1启动子活性增强。
二、与HIV-1感染相关的MBP基因多态性分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、与HIV-1感染相关的MBP基因多态性分析（论文提纲范文）
（1）男男性行为者CCR5、CCR2、SDF1、CXCR4基因多态性与HIV-1感染关联性分析（论文提纲范文）
| 1 对象与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 标本采集 |
| 1.2.2 外周血DNA提取 |
| 1.2.3 PCR反应 |
| 1.2.4 PCR产物纯化和测序 |
| 1.3 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 人口学和行为学特征 |
| 2.2 哈-温平衡检验结果 |
| 2.3 CCR5测序结果 |
| 2.4 CCR2测序结果 |
| 2.5 SDF1测序结果 |
| 2.6 CXCR4测序结果 |
| 3 讨论 |
（2）2011-2018年深圳地区HIV-1新型重组毒株形成及流行特点研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 前言 |
| 一、HIV-1基因多态性与全球流行状况 |
| 二、HIV-1重组毒株的流行与传播 |
| 三、我国深圳HIV-1流行情况复杂 |
| 四、HIV-1双重感染对HIV-1重组的影响 |
| 五、深度测序在HIV-1双重感染与劣势耐药检测中的应用 |
| 材料与方法 |
| 一、实验材料 |
| 二、常用实验仪器设备 |
| 三、实验方法 |
| 实验结果 |
| 一、中国HIV-1新型重组毒株流行状况研究 |
| 二、深圳HIV-1新型重组毒株发生与近似全长基因组特点研究 |
| 三、深圳HIV-1双重感染与劣势耐药的发生与流行研究 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 创新之处 |
| 不足之处 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
（3）CD4基因多态性与HIV-1发生风险关联性研究的Meta分析（论文提纲范文）
| 1 对象与方法 |
| 1.1 数据来源 |
| 1.2 方法 |
| 1.3统计方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 纳入及排除流程 |
| 2.2 纳入文献的基本情况 |
| 2.3 CD4 C868T基因多态性和HIV-1发病风险关联性 |
| 2.4 亚组分析结果 |
| 2.5 发表偏倚的检测 |
| 3 讨论 |
（4）EB病毒相关肿瘤基因多态性与易感性的相关性研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 1 仪器、试剂和耗材 |
| 2 研究对象 |
| 3 原位杂交筛选EBV阳性肿瘤标本 |
| 4 新鲜组织DNA的提取 |
| 5 石蜡包埋胃癌组织核酸提取 |
| 6 转录组高通量测序 |
| 7 基因多态性分析 |
| 8 统计学分析 |
| 结果 |
| 1 高通量测序SNP分析 |
| 2 基因多态性与EBV相关肿瘤易感性相关性分析 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 1.流感病毒 |
| 2.呼吸道合胞体病毒 |
| 3.人类免疫缺陷病毒 |
| 4.人T细胞白血病病毒1型 |
| 5.人类乳头状瘤病毒 |
| 6.丙型肝炎病毒 |
| 7.乙型肝炎病毒 |
| 8.单纯疱疹病毒 |
| 9.诺瓦克病毒和轮状病毒 |
| 10.细小病毒 |
| 11.EB病毒 |
| 综述参考文献 |
| 攻读学位期间的学术成果 |
| 致谢 |
（5）Cyclophilin A基因多态性及其表达在重度子痫前期发生中的作用及机制的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 符号说明 |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 第一部分 Cyclophilin A基因多态性与重度子痫前期相关性的研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 附图与附表 |
| 参考文献 |
| 第二部分 外周血与胎盘组织Cyclophilin A的表达与重度子痫前期相关性的研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 附表与附图 |
| 参考文献 |
| 第三部分 细胞外Cyclophilin A参与重度子痫前期发病的机制探讨 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 附图 |
| 参考文献 |
| 总结 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文的目录 |
| 学位论文评阅及答辩情况 |
| 外文文章1 |
| 外文文章2 |
（6）MSM人群HIV+/AIDS进程影响因素及梨支原体共感染的流行病学研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 缩略词中英文对照 |
| 前言 |
| 第一章 江苏省MSM人群HIV+/AIDS进程及影响因素 |
| 1.1 研究对象与方法 |
| 1.1.1 研究对象与资料 |
| 1.1.2 数据调查时间 |
| 1.1.3 数据调查地点及方式 |
| 1.1.4 研究对象纳入和排除标准 |
| 1.1.5 研究结局及定义 |
| 1.1.6 影响因素及其测量 |
| 1.1.7 统计方法 |
| 1.2 结果 |
| 1.2.1 数据筛选的基本情况 |
| 1.2.2 接受抗病毒治疗的MSM人群社会人口学情况 |
| 1.2.3 抗病毒治疗MSM人群的生存分析 |
| 1.2.4 不同疾病状态的相关因素分析 |
| 1.2.5 不同抗病毒治疗标准的MSM人群疾病状态的影响因素分析 |
| 1.2.6 线性混合效应模型分析艾滋病病程发展的影响因素 |
| 1.3 讨论 |
| 第二章 MSM人群HIV+/AIDS进程相关的社会行为因素研究 |
| 2.1 研究对象与方法 |
| 2.1.1 研究对象 |
| 2.1.2 调查方法与内容 |
| 2.1.3 研究结局及定义 |
| 2.1.4 伦理学原则 |
| 2.1.5 统计分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 研究对象基本特征及艾滋病相关信息 |
| 2.2.2 研究对象艾滋病知识知晓率情况 |
| 2.2.3 研究对象的社会网络成员的基本特征 |
| 2.2.4 HIV感染疾病进程的相关因素分析 |
| 2.2.5 疾病告知情况及影响因素分析 |
| 2.2.6 同性性行为告知情况及影响因素分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 梨支原体、HIV感染对免疫功能相关基因表达的影响 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 菌株及细胞来源 |
| 3.1.2 主要仪器设备及试剂 |
| 3.1.3 液体SP-4培养基配制 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 梨支原体复苏和培养 |
| 3.2.2 梨支原体脂质相关膜蛋白(LAMPs)的提取 |
| 3.2.3 BCA测定蛋白浓度 |
| 3.2.4 THP-1细胞培养 |
| 3.2.5 外周血提取PBMC |
| 3.2.6 LAMPs刺激细胞最佳时间和最佳剂量的确定 |
| 3.2.7 LAMPs刺激PBMC |
| 3.2.8 细胞总RNA提取与检测 |
| 3.2.9 RT-qPCR检测 |
| 3.2.10 RNA-seq文库构建 |
| 3.2.11 上机测序 |
| 3.2.12 生物信息学分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 qPCR确定LAMPs刺激细胞的最佳时间和最佳浓度 |
| 3.3.2 RNA-seq测序的样本质量评估 |
| 3.3.3 测序数据质控结果 |
| 3.3.4 比对分析 |
| 3.3.5 基因表达分布 |
| 3.3.6 各样本间相关性分析及主成分分析 |
| 3.3.7 差异基因与富集分析 |
| 3.3.7.1 Mpi感染组与正常组(NPvsNC)的差异基因表达及富集分析 |
| 3.3.7.2 HIV感染组与正常组的(DC vs NC)差异基因与富集分析 |
| 3.3.7.3 Mpi与HIV共感染组与正常组(DP vs NC)差异基因与富集分析 |
| 3.3.7.4 Mpi与HIV共感染组和HIV感染组(DPvsDC)差异基因与富集分析 |
| 3.3.7.5 Mpi与HIV共感染组和Mpi组(DPvsNP)差异基因与富集分析 |
| 3.4 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 附录1 |
| 附录2 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（7）TNF-α基因多态性与HIV-1感染的易感性和治疗后CD4+T细胞的相关性研究（论文提纲范文）
| 个人简历 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一部分 HIV-1患者TNF-α血浆水平的研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 TNF-α基因多态性与HIV-1感染的易感性和治疗后CD4+T细胞的相关性研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 TNF-α基因多态性与临床疾病的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（8）ZNRD1基因多态性和HIV-1感染的易感性及治疗前后CD4+T细胞的相关性研究（论文提纲范文）
| 个人简历 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（9）HLA-A*02、A*24基因多态性与中国汉族人群HIV-1易感性的关系（论文提纲范文）
| 1 对象与方法 |
| 1.1 对象 |
| 1.1.1 HEPS人群 |
| 1.1.2 健康对照人群 |
| 1.1.3 HIV-1感染人群 |
| 1.2 HLA分型 |
| 1.3 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 HLA MorganTMHLA SSP Typing Kits HLA分型结果判读 |
| 2.2 Hardy-wenberg平衡检验 |
| 2.3 三组人群HLA-A、B、DR三个基因座各基因型和等位基因分布 |
| 2.4 健康对照人群CD8+T细胞HLA-DR高、低表达的两组人群HLA主要基因型和等位基因分布 |
| 3 讨论 |
（10）男同性恋者HIV感染相关基因SNP多态性及DEFB1 rs11362功能验证研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 HIV |
| 1.1.1 HIV基本特征 |
| 1.1.2 HIV流行现状及危害 |
| 1.1.3 HIV致病机制 |
| 1.2 宿主遗传差异性与HIV感染的关联性 |
| 1.2.1 HIV感染与发病的个体差异性 |
| 1.2.2 宿主基因单核苷酸多态性与HIV易感性的关联 |
| 1.3 HIV感染相关宿主基因多态性早期研究 |
| 1.3.1 HIV侵染相关受体及配体基因多态性 |
| 1.3.2 调节宿主对HIV感染的免疫应答的HLA基因 |
| 1.4 影响HIV感染的宿主基因多态性研究新进展 |
| 1.4.1 基于全基因组扫描的研究 |
| 1.4.2 基于候选基因研究的新进展 |
| 1.5 男同性恋人群HIV感染相关基因多态性的研究 |
| 1.6 研究内容和研究意义 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 研究设计 |
| 2.2 研究对象 |
| 2.3 样本采集与保存 |
| 2.4 核酸提取与保存 |
| 2.5 候选基因SNP位点的选择与确认 |
| 2.6 实验过程 |
| 2.6.1 试剂耗材 |
| 2.6.2 实验流程 |
| 2.6.3 基因分型检测 |
| 2.6.4 rs11362功能验证 |
| 2.7 统计分析 |
| 第3章 结果分析 |
| 3.1 病例对照人群社会人口学特征和HIV暴露风险分析 |
| 3.2 SNP位点多态性分析 |
| 3.2.1 DNA样本质量检测分析 |
| 3.2.2 SNP位点多态性检测结果分析 |
| 3.3 rs11362功能验证结果 |
| 3.3.1 质粒构建 |
| 3.3.2 质粒质量检测结果 |
| 3.3.3 双荧光报告实验结果 |
| 第4章 讨论 |
| 4.1 病例组与对照组人群社会人口学特征和HIV暴露风险 |
| 4.2 SNP位点多态性与HIV易感性相关分析 |
| 4.3 DEFB1基因rs11362功能验证分析 |
| 第5章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 |
四、与HIV-1感染相关的MBP基因多态性分析（论文参考文献）
- [1]男男性行为者CCR5、CCR2、SDF1、CXCR4基因多态性与HIV-1感染关联性分析[J]. 蒋红伟,田洪青. 中国麻风皮肤病杂志, 2022(02)
- [2]2011-2018年深圳地区HIV-1新型重组毒株形成及流行特点研究[D]. 王晓蕊. 山东大学, 2021(11)
- [3]CD4基因多态性与HIV-1发生风险关联性研究的Meta分析[J]. 李昕,郝政,李伟,韦丽,朱正平. 中国艾滋病性病, 2020(08)
- [4]EB病毒相关肿瘤基因多态性与易感性的相关性研究[D]. 闫春. 青岛大学, 2019(01)
- [5]Cyclophilin A基因多态性及其表达在重度子痫前期发生中的作用及机制的研究[D]. 孙文娟. 山东大学, 2019(02)
- [6]MSM人群HIV+/AIDS进程影响因素及梨支原体共感染的流行病学研究[D]. 陈璐斯. 东南大学, 2019(05)
- [7]TNF-α基因多态性与HIV-1感染的易感性和治疗后CD4+T细胞的相关性研究[D]. 丁国彦. 广西医科大学, 2019(08)
- [8]ZNRD1基因多态性和HIV-1感染的易感性及治疗前后CD4+T细胞的相关性研究[D]. 周明. 广西医科大学, 2019(08)
- [9]HLA-A*02、A*24基因多态性与中国汉族人群HIV-1易感性的关系[J]. 王晓辉,宋俊敏,杨峥嵘,陈琳,谭京广. 中国热带医学, 2016(11)
- [10]男同性恋者HIV感染相关基因SNP多态性及DEFB1 rs11362功能验证研究[D]. 涂丹. 深圳大学, 2016(05)